アパートを売ると、税金はいくらかかるのでしょうか。譲渡所得の計算と、見落としやすい点を整理します。

アパートを売ったときにかかる税金は「譲渡所得」の税金

アパートを売って利益が出ると、その利益に所得税・住民税・復興特別所得税がかかります。土地や建物を売った利益は「譲渡所得」と呼ばれ、給与や家賃収入などと合算せず、分けて税額を計算する（分離課税）のが特徴です。家賃収入を申告している不動産所得とは別の計算になります。

税金がかかるのは売った金額そのものではなく、売った金額から次の2つを差し引いた利益の部分です。

• 取得費：土地の購入代金、建物の購入代金や建築代金、購入時の仲介手数料など。建物は減価償却費の累計を差し引く
• 譲渡費用：売るために直接かかった費用。仲介手数料、売主が負担した印紙税、売るための立退料や建物の取壊し費用など

出典：国税庁 タックスアンサー「No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」「No.1440 譲渡所得（土地や建物を譲渡したとき）」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）

税率は所有期間5年で大きく変わる

譲渡所得の税率は、所有期間が5年を超えるか、5年以下かで分かれます。判定の基準日は売った日ではなく、売った年の1月1日です。

出典：国税庁 タックスアンサー「No.3208 長期譲渡所得の税額の計算」「No.3211 短期譲渡所得の税額の計算」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）。復興特別所得税は所得税額の2.1%で、平成25年分から令和29年分まで

たとえば2021年8月に買ったアパートを2026年11月に売ると、2026年1月1日時点の所有期間は4年5か月なので短期です。2027年1月以降に売れば長期になります。買ってから「満5年」ではなく、実質的に6回目の正月を迎えた年以降が長期の目安です。売却の時期を決めるほかの判断軸は「収益物件の売却タイミング」で整理しています。

計算の例｜利益と税額の目安

仮の数字で、売った金額から税額までを順に計算してみます。特別控除や端数の処理は省いた、あくまで考え方を示すための例です。

実際に手元に残る金額は、ここからさらにローンの残債などを差し引いて考えます。同じ例で、ローンの残りが2,000万円ある場合の目安です。

このほか、ローンを一括で返す際の手数料や、抵当権を抹消する登記の費用などがかかることがあります。所得税は売った翌年の確定申告の期限まで、住民税はその後に納めるので、売却代金のうち税金の分を取り分けておきましょう。

同じ利益でも、短期か長期かで税額はおよそ2倍違います。また、建物の取得費が購入代金のままではなく減価償却後の金額になっている点が、アパートの売却で特に大事なところです。

見落としやすい5つのポイント

1. 減価償却が進むほど、売ったときの利益は大きくなる

建物の取得費は、購入代金や建築代金から所有期間中の減価償却費相当額を差し引いた額です。毎年の不動産所得で経費にしてきた減価償却費は、売るときに取得費を小さくする形で戻ってきます。長く貸してきたアパートほど建物の取得費は小さくなり、売値が買ったときと同じでも利益が出ることがあります。

累計額は、毎年の確定申告書（青色申告決算書・収支内訳書）の減価償却費の計算欄で確かめられます。耐用年数と償却の計算は「アパートの耐用年数と減価償却」で解説しています。

出典：国税庁 タックスアンサー「No.3252 取得費となるもの」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）

2. 取得費が分からないと、売値の5%で計算することになる

先代から引き継いだ物件などで買ったときの金額が分からない場合は、売った金額の5%を取得費とすることができます（概算取得費）。上の例なら5,000万円×5%＝250万円が取得費になり、利益は大きく膨らみます。

当時の売買契約書・領収書のほか、通帳の振込記録やローンの契約書から購入代金を確かめられることがあります。売却の話を進める前に、購入時の書類を探しておくのが手堅い進め方です。

出典：国税庁 タックスアンサー「No.3258 取得費が分からないとき」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）

3. 譲渡費用になるもの・ならないもの

出典：国税庁 タックスアンサー「No.3255 譲渡費用となるもの」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）

修繕費や固定資産税は、売る年までの不動産所得の経費として扱うもので、譲渡費用には入りません。入居者に退去してもらってから売る場合の進め方は「アパート建て替えの立ち退き」も参考になります。

4. マイホームの3,000万円控除は、貸しているアパートには使えない

「家を売っても3,000万円までは税金がかからない」という特例は、自分が住んでいる家（マイホーム）を売った場合のものです。人に貸しているアパートは対象になりません。自宅兼アパートのように一部に住んでいる建物は、住まいとして使っていた部分の扱いを個別に確かめる必要があります。

同じく、売って損が出た場合も、その損失は同じ年にほかの土地や建物を売って出た利益とは相殺できますが、給与所得や事業所得などとは相殺できません。マイホームの売却損には例外の特例がありますが、貸しているアパートには当てはまりません。

出典：国税庁 タックスアンサー「No.3302 マイホームを売ったときの特例」「No.3203 不動産を譲渡して譲渡損失が生じた場合」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）

5. 消費税の課税事業者なら、建物の売却代金に消費税がかかる

土地の売却と住宅の貸付けは消費税がかからない取引ですが、建物の売却は課税の対象です。アパートの家賃は住宅の貸付けなので、多くの個人オーナーは消費税の免税事業者ですが、店舗・事務所の賃料などの課税売上が多い場合や、インボイス発行事業者に登録している場合など、課税事業者に当たるときは、建物部分の売却代金に消費税がかかります。売買契約で土地と建物の金額をどう分けるかにも関わるため、契約前に税理士に確かめておきましょう。

出典：国税庁 タックスアンサー「No.6201 非課税となる取引」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）

相続したアパートを売る場合

相続で取得したアパートは、所有期間も取得費も、原則として亡くなった方のものを引き継ぎます。亡くなった方が長く持っていた物件なら、相続してすぐに売っても長期譲渡所得になります。

さらに、相続税を納めた人が相続開始の翌日から、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに売った場合は、納めた相続税のうち、そのアパートに対応する額を取得費に加えられます（相続財産を譲渡した場合の取得費の特例）。相続税の申告期限は相続開始を知った日の翌日から10か月なので、おおむね相続から3年10か月が期限の目安です（相続税法27条）。

• 相続または遺贈で取得した財産であること
• その財産を取得した人に相続税が課税されていること
• 上の期限までに売っていること

出典：国税庁 タックスアンサー「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」（令和8年4月1日現在法令等・2026年10月時点で確認）

売るか、貸し続けるかを決めかねている場合は、期限から逆算して判断の時期を決めておくと安心です。相続した空き家の活用方法は「相続した空き家の活用方法」で整理しています。

売る前に準備しておくこと

1. 購入時の書類を集める：売買契約書、領収書、仲介手数料の領収書、登記の書類。土地と建物の金額の内訳が分かるものを優先します。
2. 減価償却の累計を確かめる：過去の確定申告書から、建物と設備の償却累計額を一覧にします。
3. 所有期間を数える：取得日と、売る予定の年の1月1日を照らし合わせ、長期か短期かを確かめます。
4. 手残りを試算する：売値の見込みから、仲介手数料・ローンの残債・譲渡所得の税金を差し引いた金額を出します。
5. 翌年の確定申告に備える：売った翌年の確定申告で、不動産所得とあわせて譲渡所得を申告します。

売値の見込みは、収益物件なら家賃収入と稼働の状況で大きく変わります。査定額の決まり方は「シェアハウスの売却・買取相場」、家賃収入の申告は「不動産所得の確定申告」で解説しています。

よくある質問

アパートを売ったときの税金はいくらですか？

利益（譲渡所得）に税率を掛けて計算します。利益は、売った金額から取得費（土地の購入代金と、建物の購入代金から減価償却費の累計を引いた額）と譲渡費用（仲介手数料など）を差し引いた額です。税率は所有期間が5年を超えれば約20.315%、5年以下なら約39.63%です。売った金額に税率を掛けるのではない点に注意してください。

所有期間の5年は、いつから数えますか？

取得した日から、売った年の1月1日までの期間で判定します。売った日までではないため、買ってから5年を少し過ぎた時点で売っても短期になることがあります。相続や贈与で取得した場合は、原則として亡くなった方や贈与した方が取得した日から数えます。

減価償却をしてきたアパートを売ると、税金が増えるのですか？

建物の取得費は、購入代金から所有期間中の減価償却費相当額を差し引いて計算するため、償却が進むほど取得費は小さくなり、そのぶん譲渡所得は大きくなります。毎年の不動産所得で経費にしてきた額が、売るときの利益として戻ってくるイメージです。売却前に、確定申告書の減価償却の明細で累計額を確かめておきましょう。

購入時の契約書をなくした場合、取得費はどうなりますか？

取得費が分からない場合は、売った金額の5%を取得費とすることができます（概算取得費）。ただし実際の取得費より小さくなることが多く、税金が増えやすくなります。当時の売買契約書・領収書・通帳の記録・ローンの資料などから実際の金額を確かめられないか、先に調べるのが基本です。

売って損が出た場合、給与所得と相殺できますか？

土地や建物を売って出た損失は、同じ年にほかの土地や建物を売って出た利益とは相殺できますが、給与所得や事業所得などとは相殺できません。居住用財産（マイホーム）の売却で生じた損失には例外の特例がありますが、貸しているアパートは対象外です。

相続したアパートを売るときに使える特例はありますか？

相続税を納めた人が、相続開始の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに相続財産を売った場合、納めた相続税のうちその財産に対応する額を取得費に加えられます（相続財産を譲渡した場合の取得費の特例）。期限を過ぎると使えないため、売る時期を決める前に確認しておきましょう。

アパートを売った翌年は、確定申告が必要ですか？

土地や建物を売って譲渡所得が出た場合は、売った翌年の確定申告で申告します。利益が出なかった場合も、特例を使うときや損失を他の土地建物の利益と相殺するときは申告が必要です。不動産所得の申告とあわせて行うため、売った年は家賃収入の申告と譲渡の申告を一緒に準備することになります。

まとめ

アパートを売ったときの税金は、売った金額から取得費と譲渡費用を差し引いた利益に、所有期間に応じた税率（5年超は約20.315%、5年以下は約39.63%）を掛けて計算します。建物の取得費は減価償却後の金額になるため、長く貸してきた物件ほど利益が大きく出やすい点に注意が必要です。取得費の書類、減価償却の累計、所有期間の3つを先に確かめておくと、売るかどうかの判断がしやすくなります。

本記事は2026年10月時点の国税庁の情報（令和8年4月1日現在法令等）をもとにした一般的な説明です。個別の税額や特例の適用は、税理士または税務署にご確認ください。